Na južnej strane farského kostola bola v 15. storočí postavená malá kaplnka zasvätená Panne Márii Škapuliarskej. Kaplnku dali postaviť baníci z vďaky za záchranu, keď boli zavalení v banskej štôlni, vedúcej priamo pod kaplnkou. Štôlňa prechádza v blízkosti farského kostola a smeruje presne popod svätyňu a sakristiu terajšieho Škapuliarkeho kostola. V roku 1708, keď farský kostol druhý krát užívali evanjelici, bola ku kaplnke pristavaná kostolná loď a tak vznikol terajší menší kostol, ktorý potom až do vrátenia farského kostola užívali katolíci. Stavbu inicioval vtedajší farár Juraj Lanzhoczský za pomoci dvoch katolíckych senátov Hertingera a Knafela. V kostole sa nachádzal (v súčasnosti sa nachádza na hlavnom oltári vo farskom kostole) milostivý obraz P. Márie Škapuliarskej. Písomné doklady dokazujú mnohé uzdravenia a obrátenie na orodovanie Panny Márie. Preto od 1713 až do súčasnej doby sa každoročne konajú púte v Banskej Belej z príležitosti sviatku P. Márie Škapuliarskej.

Táto masívna a pomerne veľká stavba nebola istotne postavená v bezvýznamnej osade alebo obci, dôkazom toho je, že tu už v tom čase museli byť veriaci a to v dostatočnom počte, ako aj finančné prostriedky, ktoré umožňovali realizovať takúto stavbu. V priebehu uplynulých storočí došlo k niekoľkým stavebným zmenám a úpravám v pôvodnej stavbe. Najväčšia stavebná úprava sa uskutočnila v roku 1590, kedy bola na miesto pôvodnej svätyne, pravdepodobne polkruhového pôdorysu, vybudovaná terajšia svätyňa trojbokého záveru. Vtedy boli vybudované aj oporné piliere na oboch stranách lode a nárožiach predstavanej masívnej veže. Široká loď bola rozdelená dvoma masívnymi kamennými stĺpmi, ktoré takto vytvorili dvojlodie. Tieto stavebné zmeny a úpravy sa uskutočnili v goticko – renesančnom slohu. Z pôvodnej románskej stavby sa dodnes zachovalo obvodové murivo kostolnej lode a veža, ktorá mala pôvodne v prízemí lomené arkády. Na svätyňou bola sedlová drevená vežička s menším zvonom , na ktorom sa zvonilo cez pozdvihovanie. Táto vežička bola v 30. rokoch minulého storočia pri oprave strechy zrušená a zvon bol premiestnený na jednoduchú stolicu so šindľovou šikmou strieškou nad sakristiu. Bolo to nešťastné rozhodnutie vtedajšieho kostolného otca Štefana Ballóna, pretože táto vežička dodávala kostolu typický vzhľad, ako to je na zachovaných fotografiách. V histórii banskobetlianskej farnosti je obdobie, kedy Banská Belá patrí do farnosti Banská Štiavnica, ale už má vlastného kaplána, ktorý býva v Banskej Belej. Vzniká vlastná duchovná správa v Banskej Belej – lokálna kaplánka. Bolo to predzvesťou úplného osamostatnenia Banskej Belej aj na poli cirkevnom. V roku 1466 vyhovel kráľ Matej žiadosti mešťanov, aby Banská Belá dostala právo voliť si slobodne vlastného farára, a filiálny kostol, postavený od pradávna, bol povýšený na farský. Ostrihomský arcibiskup Šimon, povyšuje filiálny kostol na samostatný farský kostol a udeľuje právo slobodnej voľby farára ešte v tom istom roku.